Le retour de la France dans le commandement intégré de l’Otan a des conséquences financières. Selon le ministère de la Défense, ce coût se situe entre 50 et 60 millions d’euros cette année, et pourrait s’élever jusqu’à 80 millions, sauf si des mesures d’économies sérieuses sont adoptées par l’Alliance.

Ce coût se divise en deux parties quasiment égales : l’augmentation de la masse salariale pour les personnels détachés et les frais de fonctionnement. Le ministère de la Défense reconnait que ces dépenses supplémentaires "n’avaient quasiment pas été anticipées au moment de la préparation de loi de programmation militaire, qui s’est déroulée avant la décision politique de réintégrer l’Otan".