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Darwin a bien insisté sur le fait que la sélection naturelle ne sélectionne pas les meilleurs mais les plus aptes à se reproduire dans un environnement donné. Exemple : lors d’une épidémie de peste, les plus beaux spécimens du genre humain (intelligents, beaux, sains, sympathiques) peuvent être balayés par l’épidémie tandis qu’un Quasimodo repoussant peut survivre grâce à un système immunitaire mieux adapté à la lutte contre le bacille de Yersin. Par ailleurs, la théorie de Darwin a évolué elle aussi car Darwin ignorait en son temps les lois de Mendel et la structure de l’acide désoxyribonucléique. Et bien d’autres choses encore. Dans l’hypothèse des équilibres ponctués, on suppose l’existence de gènes architecturaux dont la simple mutation entraîne des modifications majeures. Exemple : le requin marteau dont une seule mutation le sépare de sa lignée originelle. Darwin se trompait en supposant une évolution graduelle résultant d’un empilement de petites modifications retenues par le processus sélectif. Par ailleurs, certains évolutionnistes pressentent qu’il existerait un facteur caché qui agirait puissamment et rapidement pour accélérer l’adaptation à des changements d’environnement brusques. Tout se passe comme s’il existait un facteur intelligent ou du moins auto-organisationnel à l’oeuvre dans le processus d’adaptation aux changements environnementaux. Une espèce de dessein intelligent automatique dont le mécanisme se situerait en partie hors du champs de la biologie.
